续接亚古斯奥特曼第一部，在平成世界里亚古斯奥特曼和戴拿奥特曼一同与索菲亚球体展开了最终决战。但是随着索菲亚球体的消亡而出现了神秘黑洞，最后亚古斯奥特曼奋力力将戴拿推开黑洞吸力所在地，自己却被卷入了黑洞之中。 原来在黑洞的另一端竟然是奥特之星的时空，亚古斯奥特曼亦是被巡逻在M78星云附近的初代奥特曼所救下了。此后亚古斯奥特曼与梦比优斯前往怪兽墓场，与那里的黑暗三将激斗起来.....

由于地球气候异常变化，使得自然界一些生物发生很大的变化。这些生物给人类造成了巨大灾难，于是为了对付它们成立特别组织SP。这是一个专门对付异变生物的组织，并组建特别行动小队与它们战斗。但是异变生物的战斗力越来越强大，而且个体也变的巨大无比。特别行动小队的战斗陷入巨大困境之时，从天而降的银色战神击败了暴动的巨大生物。此后人类和银色战神一起与可怕的巨大生物战斗着，他们把银色战神称之为“奥特曼”。奥特曼击败了强大的圆盘生物布莱克圆泽，然后就离开了地球。 一名叫做北野星的青年加入森本探险队，并随着大队一同前往迷之森林。然而在他们回来的路上遭到火星人的袭击，北野为了让队友安全离开便去引开火星人。北..