工藤新一与毛利兰结婚后，黑羽快斗和中森青子、服部平次和远山和叶、铃木园子和京极真也相继成婚。毛利小五郎和妃英理重归于好，生活幸福美满。工藤新一将自己的秘密告诉了毛利兰，而黑羽快斗也向中森青子坦白了自己怪盗基德的身份，他们的爱人都选择了理解和支持，并一起保守这个秘密。毛利大叔继续当着他的侦探，虽然偶尔还是会犯迷糊，但有了新一这位女婿的帮助下，他的侦探事业也逐渐有了起色。而中森警官对基德的追捕仍未停止，青子则劝解父亲不要太过执着，同时也与快斗约定好作案的频率，以免父亲太过劳累。服部平次在关西开设了自己的侦探事务所，生意异常火爆。原本以为黑暗组织已经被彻底消灭，然而，一个新的危机却悄然逼近。