在成功阻止暗黑大帝复活后，萌学园表面恢复平静，实则暗流涌动。红月再次高悬天际，预示着不祥之兆。神秘的白衣男女在学园悄然现身又消失，给学园蒙上了一层神秘的面纱。萌骑士们肩头的使命还未完全结束，他们隐隐感到新的危险正在逼近。就在此时，学园里接连发生怪事，先是不少学生莫名陷入昏迷，身体虚弱不堪，仿佛魂魄被抽取。经长老们仔细探查，发现这是传说中“斯坦禁术”——“魂魄夺取术”所为。奈亚公主、奈冰公主、圣亚公主、神圣公主以及身份暂时保密的蜜诺娃使者联合萌骑士们开始调查真相。随着调查深入，萌骑士们发现一个惊人的秘密：暗黑公主出现了，她还携带着暗黑五星。原来，暗黑大帝虽未复活，但他的余孽勾结暗黑魔帝，企图借助“魂魄夺取术”收集大量魂魄，为暗黑大帝重塑肉身。而且暗黑魔帝还掌握着五颗神秘灵石，据说这五颗灵石集齐能释放出毁天灭地的力量，若被暗黑势力利用，整个宇宙都将陷入黑暗。同时，萌骑士们还在暗黑档案室发现了神秘的档案X，内容涉及暗黑大帝与暗黑魔帝的阴谋，以及他们妄图统治宇宙的野心。左右护法也在暗中协助暗黑势力，给萌骑士们制造诸多麻烦。每当萌骑士们接近真相，就会遭遇意想不到的陷阱和强大，他们。